Le microbiote intestinal trinque aussi

Si le rôle des antibiotiques dans l’émergence de bactéries résistances est devenu une préoccupation majeure, leur effet sur la flore bactérienne intestinale est aussi de plus en plus considéré. Au cours des années 2000, les avancées de la biologie moléculaire ont permis de confirmer l’impact de l’antibiothérapie sur la composition du microbiote.

Grâce à la technique d’« hybridation in situ fluorescente », A. Swidsinski (JFHOD, 2014) a ainsi montré qu’une antibiothérapie pour vaginose bactérienne par métronidazole/ciprofloxacine modifie la composition du microbiote avec la diminution de certaines bactéries et, à l’inverse, l’apparition de groupes bactériens précédemment non détectés.

Dans une étude réalisée par pyroséquençage de l’ARN 16 secondes, C. Kelly (JFHOD, 2014) retrouve des résultats proches chez des volontaires sains traités par amoxicilline/acide clavulanique. Si ces perturbations sont généralement temporaires, elles peuvent perdurer chez certains patients comme le démontre une étude conduite par M. F. De La Cochetiere (J Clinical Microbiology, 2005).

Ce travail s’est attaché à préciser la résilience du microbiote intestinal après une antibiothérapie. Six volontaires sains ont reçu de l'amoxicilline pendant 5 jours. Des échantillons fécaux ont été collectés à J0 puis à intervalles réguliers jusqu'à J60. La composition des selles en espèces bactériennes au fil du temps a été comparée avec celle des prélèvements initiaux. Seulement 24 h après l'initiation du traitement des changements majeurs ont été observés avec à J4 une similitude moyenne ne dépassant pas 74 %. À distance, le microbiote fécal avait tendance à revenir à la normale avec une similitude de 88 % à J30 et 89 % à J60. Toutefois, chez un sujet, d'importantes modifications ont persisté pendant au moins 2 mois.

Ainsi, si on observe généralement une résilience de la flore fécale humaine après une antibiothérapie de courte durée, la persistance de modifications à long terme peut être observée chez certains sujets, ce qui pourrait expliquer la susceptibilité de certains sujets aux diarrhées associée aux antibiotiques. Pour les auteurs, « ces résultats suggèrent en outre, que des stratégies de renforcement de la capacité du microbiote fécal pour résister à des modifications seraient cliniquement pertinentes ». À ce titre, plusieurs études ont montré la capacité de S. boulardii à limiter les perturbations induites par les antibiotiques.