Avec la saison hivernale, le SARS-CoV-2 n’est plus le seul virus à circuler. Ceux de la grippe (influenza A et B) occupent le terrain, tout comme le VRS, les adénovirus, les rhinovirus, le métapneumovirus humain, etc. Avec, semble-t-il, une circulation de plus en plus concomitante de tous ces pathogènes.
Dans ce contexte, peut-on encore se contenter du simple diagnostic de virose hivernale face à un syndrome (pseudo-) grippal, ou faut-il aller plus loin dans la démarche étiologique, du moins chez certains patients ? La question peut se poser alors qu’il existe pour certains virus des possibilités thérapeutiques et que l’offre de tests combinés (ou multiplex) s’étoffe depuis une dizaine d’années.
« Aujourd’hui, les tests multiplex utilisés sont des tests moléculaires d’amplification d’acides nucléiques (par PCR principalement, voire par transcription-mediated amplification ou TMA), précise le Pr Jacques Izopet (virologue au CHU de Toulouse). Il faut bien les distinguer des tests antigéniques qui sont des tests rapides d’orientation diagnostique (Trod). Si le principe est identique, la technologie est différente et les performances des multiplex PCR ou TMA sont bien supérieures à celles des tests antigéniques multiplex. »
À l’hôpital, le pli semble pris et désormais, « dès l’arrivée aux urgences de patients tout-venant avec tableau respiratoire, on a tendance à réaliser des tests moléculaires duplex ou triplex (ciblant la grippe, le Covid, plus ou moins le VRS) pour isoler les patients, limiter les contaminations », témoigne le Pr Claire Andréjak (CHU d’Amiens), mais aussi, le cas échéant, orienter le traitement. Les tests moléculaires multiplex pouvant cibler jusqu’à 30 pathogènes restent en revanche plutôt « préconisés chez les patients sévères, admis en soins intensifs et réanimation ».
En 2020, la Haute Autorité de santé (HAS) avait validé l’usage de tests par RT-PCR grippe/SARS-CoV-2 uniquement en période de co-circulation de ces virus, chez les patients hospitalisés ou institutionnalisés présentant des signes cliniques respiratoires faisant évoquer l’une de ces deux infections.
Éviter les formes sévères
En ville, et notamment en soins de premier recours, l’intérêt des tests duplex ou triplex « serait surtout de prescrire de manière précoce – chez les patients à risque uniquement – de l’oséltamivir en cas de grippe avérée (dans les 48 heures après le début des symptômes) ou du Paxlovid en cas de Covid (dans les cinq jours après les premiers symptômes) ». Si l’objectif « est essentiellement d’éviter les formes sévères et l’hospitalisation, cela permet également, du moins pour la grippe où cela a été démontré, de réduire la durée de contagiosité ». Pour le VRS, s’il n’y a pas de traitement antiviral disponible pour le moment, « être informé de l’infection peut permettre d’instaurer une surveillance rapprochée en soins primaires ». Car, comme le rappelle la pneumologue, « si le VRS est à l’origine de bronchiolites chez le nourrisson, il peut également donner des pneumonies, des exacerbations infectieuses chez les patients BPCO, asthmatiques et, de manière générale, chez toute personne à risque respiratoire ».
Pour le Pr Izopet, ces tests « peuvent donc être utiles en ville à condition de bien en définir les indications ».
Reste que, pour le moment, du fait de la population cible, mais aussi parce qu’ils ne sont toujours pas inscrits à la nomenclature des actes de biologie médicale, les tests moléculaires combinés ne sont pas remboursés, et sont exclusivement réalisés à l’hôpital, inclus dans le référentiel des actes innovants hors nomenclature (RIHN). « La situation va probablement changer avec la révision de la nomenclature en cours », espère le Pr Izopet, pour qui « il serait problématique que la situation n’évolue pas et que les patients soient adressés à l’hôpital dans le seul objectif de bénéficier des tests moléculaires multiplex. »
Quant aux tests multiplex antigéniques, si certains sont déjà disponibles en pharmacie, ils ne sont pas encore validés, l’évaluation des Trod duplex (Covid-19/grippe) et triplex (Covid-19/grippe/VRS) étant en cours à la HAS. Un groupe de travail de la HAS planche par ailleurs afin de préciser la place des tests moléculaires multiplex dans l’approche diagnostique syndromique dans les affections respiratoires.
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