Nouveaux variants du SARS-CoV-2 : deux clusters suspectés en France, faut-il s’inquiéter ?

« Nous regardons cela comme le lait sur le feu. » Alors qu’Olivier Véran s’inquiétait mardi sur RTL de la possible circulation du variant britannique du SARS-CoV-2 en France, deux clusters à risque sont désormais en cours d'investigation sur le territoire.

Le premier est en fait un cluster potentiel et concerne l’Île-de-France où, d’après des informations communiquées cette fin d’après-midi par la DGS, un cas de contamination par la variante anglaise VOC 202012/01 du SARS-CoV-2 aurait été enregistré sans qu'il n'ait « été retrouvé, lors de l’enquête épidémiologique, de notion de voyage ou de contact avec un cas ayant voyagé ». Le sujet concerné travaillant par ailleurs dans deux établissements scolaires à Bagneux, un contact tracing et une importante investigation ont été lancés par l’ARS.

Le second cluster concerne la Bretagne, 7 résidents et 2 professionnels du Pôle Gériatrique rennais de Chantepie ont été testés positivement au même variant. « Un contact tracing élargi des contacts à risque est en cours » et « un dépistage massif sera […] renouvelé pour les professionnels et les résidents dans 7 jours », promet la DGS.

Au total, 19 cas de contamination par ce variant ont ainsi été confirmés en France depuis le 25 décembre. Des cas complétés par le recensement de 3 contaminations par un autre variant récemment émergé en Afrique du Sud : la souche 501.V2.

Faut-il pour autant s’inquiéter de la propagation de ces nouveaux clones ?

L’apparition de nouveaux variants : un phénomène normal

Comme le rappelle un article paru hier dans le JAMA, « les mutations [constituent] un sous-produit naturel de la réplication virale ». Et pour des virus à ARN – qui ont tendance à muter plus fréquemment que ceux à ADN –, les coronavirus apparaissent même plutôt stables. De ces changements dans la séquence du matériel génétique virale naissent alors divers variants, c’est-à-dire plusieurs versions du génome viral, voire diverses souches virales – variants qui diffèrent par leur antigénicité, leur transmissibilité ou encore virulence.

« Dans la plupart des cas, le destin d’un [nouveau variant] est déterminé par la sélection naturelle », rappelle le JAMA : ceux porteurs d’une mutation leur conférant un avantage compétitif (avantage réplicatif, transmissibilité augmentée, capacité à échapper à l’immunité) tendent à devenir plus fréquents que les autres. Toutefois, le hasard joue également un rôle, par exemple lorsqu’il permet à un variant particulier d’atteindre une nouvelle population naïve au virus et ainsi de s’y établir quelles que soient ses performances.

Une souche plus transmissible

Quoi qu’il en soit, il semble bien que le nouveau variant britannique, s'il ne semble pas pour le moment plus pathogène que les autres, présente en revanche une transmissibilité accrue. « [Des modélisations] suggèrent qu’il pourrait se répandre 56 % plus rapidement que d’autres lignées », souligne le JAMA.

Probablement apparu au Royaume-Uni en septembre à l’issue d’une infection chronique chez un patient immunodéprimé, comme l’indiquait le Conseil scientifique le 22 décembre dans une Note d’alerte, ce variant était dès novembre à l’origine de près de 30 % des contaminations détectées au Sud-Est de l’Angleterre et à Londres, voire, à la mi-décembre, de 60 % des contaminations recensées dans les mêmes régions. Ainsi cette souche détiendrait-elle un taux de reproductivité augmenté de 0,4 par rapport aux autres variants et conduirait-elle à une charge virale en RT-PCR plus élevée chez les malades. 

Ces données doivent encore être confirmées par des études, de même que le mécanisme possible de cette augmentation de la transmissibilité – pour le moment expliqué par la présence d’une vingtaine de mutations dont la majorité est localisée sur la protéine Spike du virus, et notamment d’une substitution N501Y, qui pourrait augmenter les capacités d’attachement du virus au récepteur ACE2 humain, résume le Conseil scientifique.

À noter que la lignée de variants détectée en Afrique du Sud présente le même genre de mutations, sans qu’une parenté avec la souche britannique ait été identifiée pour le moment.

Probablement pas d’échappement à l’immunité et à la vaccination

A l’heure du lancement des campagnes de vaccination anti-covid-19, l'inquiétude concerne aussi la potentielle capacité de ces virus à échapper au système immunitaire, et de ce fait à la vaccination. Or, il n’existe pour le moment pas d’argument en faveur de tels phénomènes.

En fait, les mutations observées seraient trop ponctuelles pour mettre en échec les anticorps anti-SARS-CoV-2 préexistants et les vaccins. « Parce que les vaccins actuels provoquent une réponse immunitaire à partir de la protéine spike entière, on espère qu’une protection efficace puisse persister malgré quelques changements sur les sites antigéniques du SARs-CoV-2 », avance le JAMA. Par ailleurs, le taux de réinfection apparaissant similaire dans les zones anglaises de circulation du nouveau clone et dans le reste du pays, et de premières données ayant montré que les sérums de patients guéris d’un autre variant du SARS-CoV-2 pouvaient neutraliser le nouveau variant, il semblerait que celui-ci reste sensible aux anticorps spécifiquement produits contre d’autres souches virales. Autre argument : « parfois, une mutation qui améliore une propriété virale, comme la capacité à se lier à un récepteur, peut altérer une autre propriété, comme échapper aux anticorps de l’hôte », explique le JAMA.

Toutefois, ces hypothèses doivent encore être validées scientifiquement, notamment, en ce qui concerne l’efficacité des vaccins, par des essais cliniques.

Documenter la propagation des nouveaux variants

En attendant, la priorité semble non seulement d’éviter la diffusion à plus de pays des nouveaux variants par des tests et des quarantaines avant ou après les voyages, mais aussi de documenter la diffusion du variant britannique, et par la même occasion du variant sud-africain.

Ainsi la DGS a-t-elle, en France, recommandé dès la fin du mois de décembre de privilégier la PCR chez les voyageurs (ou les personnes ayant eu un contact à risque avec un voyageur) revenant du Royaume-Uni ou d’Afrique du Sud. Un génotypage doit par ailleurs être réalisé devant tout résultat positif chez ces sujets ou face à un résultat discordant.