Covid-19 : le variant indien préoccupant à l’échelle internationale, mais moins en France

Voilà plusieurs semaines que le variant B.1.617 apparu en Inde, où la situation épidémiologique reste très dégradée, était considéré par l’OMS comme un variant d’intérêt (variant of interest, VOI). Cependant, face à l’émergence de nouvelles données concernant les propriétés de ce nouveau clone, l’OMS l’a finalement reclassé, dans son dernier bilan hebdomadaire, comme variant préoccupant (variant of concern, VOC). Une requalification qui devrait, d’après le virologue et membre du conseil scientifique Bruno Lina, être également réalisée cette semaine en France.

Toutefois, si ce changement de classification traduit bien un risque pour la situation sanitaire à l’échelle mondiale, le variant indien ne constituerait pas nécessairement une menace immédiate en France, où un nouveau cas importé vient pourtant d’être signalé dans les Hauts de France, suggère le Pr Lina.

Une transmissibilité accrue surtout menaçante pour les voisins de l’Inde

Pour le virologue, ce variant présenterait en effet une transmissibilité accrue surtout inquiétante pour des pays géographiquement proches de l’Inde jusqu’à maintenant relativement épargnés par la pandémie.

De fait, les arguments en faveur d’une transmissibilité accrue du variant indien s’accumulent, à l’instar de récentes données britanniques. « Les Anglais, les premiers à avoir qualifié par prudence le variant indien de VOC, ont eu l’impression la semaine dernière d’observer simultanément dans leur pays une décroissance de l’incidence du SARS-CoV-2 et une augmentation de la proportion des cas d’infections par le nouveau clone », rapporte Bruno Lina. Un constat également réalisé par l’OMS en Inde : « alors que [les cas d'autres variants présents en Inde] ont amorcé une décroissance ces dernières semaines, une augmentation marquée de la proportion du variant B.1.617 a été observée sur la même période », de sorte que près de 30 % des échantillons séquencés dans le pays s’avèrent à l’heure actuelle positifs à ce clone.

Ainsi ce variant pourrait-il présenter une transmissibilité comparable à celle du mutant britannique et occuper l’espace que celui-ci n’a pas encore atteint sur la planète, soit des régions pour le moment relativement exemptes de virus, prévoit le Pr Lina. D’ailleurs, une importante diffusion locale du variant a déjà été observée vers le Népal, vers le Bengladesh, et même probablement vers l’Iran et le Pakistan. Au total, l’OMS craindrait ainsi une reprise épidémique d’échelle internationale à partir de l’Inde et comparable à celle observée dans ce pays - reprise pour le moment loin de concerner des pays comme la France, note Bruno Lina. « Ici, moins d’une centaine de cas d’infection par le variant indien ont été identifiés », plaide-t-il.

Un risque d'échappement à l’immunité pas immédiatement problématique en France

Autre raison pour laquelle la France ne semble pas, pour le Pr Lina, immédiatement menacée par le variant indien : une immunité collective est en voie de se constituer sous l’effet de la vaccination. Or le clone devrait rester relativement sensible à celle-ci.

En fait, il n’existe pas un variant indien, mais trois sous-variants, trois lignages. « Or celui qui est en train de se diffuser de façon très importante – le variant B.1.617.2 – ne présente pas de mutation associée à une capacité à échapper à l’immunité naturelle ou post-vaccinale », rassure le Pr Lina. Toutefois, un deuxième clone moins fréquent, baptisé B.1.617.1, porterait, lui, la mutation 484K, couramment liée à un échappement à l’immunité . Néanmoins, le virologue relativise. « Ce qui se dessine à l'heure actuelle, c’est que tous les vaccins disponibles continuent de conférer une protection significative contre les variants présentant la mutation 484K, même si cette protection est diminuée par rapport à l'efficacité observée sur les souches historiques du SARS-CoV-2. » D’ailleurs, rappelle-t-il, les vaccins restent efficaces à plus de 50 % même contre le variant dit sud-africain, variant le plus éloigné des souches historiques, bien plus que le variant indien. À noter que le variant B.1.617.3, associé à un troisième lignage, apparaît marginal et de ce fait encore méconnu.

Finalement, si ce nouveau variant pourrait donc se trouver à l’origine de nouvelles vagues épidémiques dans les régions ayant encore peu accès aux vaccins anti-covid-19, la France et l’Europe devraient, du fait de la progression des campagnes de vaccination, être relativement épargnées par ce variant. Du moins pour le moment. « On s’attend à ce qu’à terme, les virus présentant la mutation 484K deviennent progressivement les variants majoritaires, du fait de la pression de sélection exercée par la vaccination », nuance le Pr Lina. Perspective qui, selon lui, pourrait cependant être au moins retardée par une levée des mesures de freinage suffisamment lente.