SARS-CoV-2 : De nouveaux variants qui pourraient changer la donne

Comme le rappelle un article paru le 6 janvier dans le JAMA, « les mutations (constituent) un sous-produit naturel de la réplication virale ». De ces changements dans la séquence du matériel génétique viral naissent alors divers variants. « Dans la plupart des cas, le destin d’un (nouveau variant) est déterminé par la sélection naturelle », rappelle le JAMA : ceux porteurs d’une mutation leur conférant un avantage compétitif tendent à devenir plus fréquents que les autres.

Une contagiosité qui semble accrue…

Or, le variant anglais semble bien présenter un avantage certain par rapport aux précédents clones du virus : une transmissibilité accrue. (Des modélisations) « suggèrent qu’il pourrait se répandre 56 % plus rapidement que d’autres lignées » grâce à un taux de reproductivité augmenté de 0,4 point, souligne le JAMA. Une performance probablement associée à une vingtaine de mutations dont la plupart, comme la mutation N501Y, affecteraient la protéine Spike du virus et sa capacité à s’attacher aux récepteurs humains, ce qui aurait permis au variant de remplacer rapidement ses prédécesseurs dans le sud-est de l’Angleterre et la région de Londres. Après son apparition en septembre 2020, il aurait été à l’origine de 30 % des contaminations dès novembre, et de 60 % d’entre elles à la mi-décembre, indiquait à la fin de l’année le Conseil scientifique.

À noter que bien que la nouvelle souche détectée en Afrique du Sud présente la même mutation N501Y et la même capacité à s’installer dans une population, « on pourrait moins la voir en France » en raison d’échanges moins intenses avec le pays, indique Pr Pierre Tattevin, président de la Spilf.

… mais une pathogénicité non modifiée

Si cette transmissibilité accrue fait donc craindre de nouvelles flambées épidémiques, les données fournies par les autorités britanniques ne rapportent cependant pas d’augmentation du taux de formes sévères de Covid-19. « Aucune différence n’est notée à ce jour en termes de pathogénicité (manifestations cliniques, durée de la maladie) », rassure le Conseil scientifique. Seule différence : « la proportion de cas chez les jeunes semble avoir augmenté dans les pays où le variant a pris beaucoup de place », sans que la part de formes graves ait pour autant changé dans cette population, détaille le Pr Tattevin.

À l’heure du lancement des campagnes de vaccination, c’est aussi l’échappement de ce variant à l’immunité et aux vaccins qui pose question. Les mutations observées seraient pour le moment trop ponctuelles pour mettre en échec les anticorps anti-SARS-CoV-2 préexistants et les vaccins, car « les vaccins actuels provoquent une réponse immunitaire à partir de la protéine Spike entière », avance le JAMA. Par ailleurs, le taux de réinfection apparaissant similaire dans les zones anglaises de circulation du nouveau clone et dans le reste du pays, et de premières données ayant montré que les sérums de patients guéris d’un autre variant du SARS-CoV-2 pouvaient neutraliser le variant anglais, il semblerait que celui-ci reste, à ce stade, sensible aux anticorps spécifiques d’autres souches virales. La mutation E484K, présente seulement sur un autre variant détecté en Afrique du Sud et sur une souche brésilienne (également trouvée au Japon), génère cependant quelques inquiétudes pour le futur, ayant montré in vitro sa capacité à diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps. « Ce qui nous inquiète, c'est la perspective de futures mutations qui s'ajouteraient » à celle-ci, a expliqué à l’AFP Ravi Gupta, professeur de microbiologie à l'université de Cambridge.

Dépister les variants

En attendant d’en savoir davantage, l’urgence est de documenter la circulation de ces nouvelles souches en France. Or, la seule façon de confirmer un cas d’infection par les nouveaux variants est actuellement de faire réa­liser un séquençage par le CNR, a rappelé la DGS le 8 janvier. Ainsi doivent en bénéficier les personnes de retour du Royaume-Uni ou d’Afrique du Sud et leurs contacts présentant un résultat positif ou « discordant » à la RT-PCR – le test de RT-PCR ThermoFisher détecte en effet un « trou » sur la protéine Spike avec le variant britannique, explique le Pr Tattevin. Par ailleurs, des investigations épidémiologiques visant à estimer le niveau de circulation du variant anglais en France sont en outre déjà « en cours », annonçait Santé Publique France en fin de semaine dernière.