110 euros par personne vaccinée: c’est, selon la cour des Comptes, le coût de la vaccination contre le H1N1 au cours de l’hiver dernier. Dans son rapport annuel, la Cour reproche à l’Etat des contrats d'achat de vaccins "mal négociés" et "l’organisation dispendieuse" de la vaccination. Au total, 662,6 millions d'euros aurait été dépensé lors de cette pandémie. Un "montant nettement supérieur aux 510 millions annoncés par le ministre de la Santé" relève la Cour qui se réfère à l’audition de Roselyne Bachelot par la commission d'enquête de l'Assemblée nationale."
Les coûts liés à l'acquisition des vaccins représentent plus de 57% de ces dépenses. La Cour des comptes inclut dans le coût final des livraisons (382,7 millions) le coût des vaccins perdus ou détruits au cours de la campagne de vaccination, celui des vaccins demeurés inutilisés (20 millions de doses), qui seront périmés d'ici la fin de l'année, et celui des vaccins donnés à l'OMS. Les sages mettent en regard de ces sommes le faible nombre de personnes finalement vaccinées (5,4 millions).
La cour des comptes estime que la situation d'incertitudes "aurait dû inciter le gouvernement à prévoir des dispositifs souples et des stratégies de repli, tant dans les négociations d'achat de vaccins que dans l'organisation d'une campagne de vaccination de masse". Et en ce qui concerne la mise en oeuvre de la vaccination, la cour regrette qu'elle ne se soit pas appuyée "sur les deux piliers du système de santé français que sont l'hôpital et la médecine de ville". Elle pointe un système de bons de vaccination "peu efficace" et de "réels dysfonctionnements" dans les centres de vaccination, mal adaptés à la situation...
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