Il est difficile en médecine générale en raison de sa rareté. Toute fièvre, tout syndrome infectieux chez un patient à risque d’endocardite infectieuse imposent des hémocultures avant toute antibiothérapie et une échocardiographie en urgence. L'hospitalisation doit être d'indication large.

Le traitement de l'EI est du domaine du spécialiste, il repose sur la combinaison d’une antibiothérapie prolongée et, chez la moitié des patients, sur le traitement chirurgical.