Qu’attendre du microbiote ?

J’EXPLIQUE

• Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes – bactéries, virus, parasites, champignons non pathogènes, dits commensaux – qui vivent dans un environnement spécifique.

• Il en existe plusieurs : cutané, oropharyngé, vaginal, etc. Avec 1013 bactéries actives, le microbiote intestinal est quantitativement le plus important, et le microbiome contient 150 fois plus de gènes que le génome humain.

• Unique sur le plan qualitatif et quantitatif, le microbiote intestinal est une signature propre à chaque individu. Parmi les 160 espèces de bactéries présentes en moyenne, seule la moitié est commune d’un humain à l’autre.

• Sa composition varie en fonction de l’âge. Avant sa naissance, l’humain est stérile. Il acquiert en deux jours 100 000 milliards de bactéries. Le microbiote d’un enfant né par voie basse est très différent de celui qui naît par césarienne ; il en est de même selon le mode d’allaitement. Sous l’influence de la diversification alimentaire, de la génétique, du niveau d’hygiène, des traitements médicaux reçus et de l’environnement, la composition du microbiote va évoluer qualitativement et quantitativement jusqu’à l’âge de deux à trois ans, pour ensuite rester assez stable. Cependant, il peut être modifié : typiquement, un traitement antibiotique réduit sa qualité et sa quantité sur plusieurs jours, voire semaines. Enfin, face à un même événement perturbateur, certains microbiotes seraient plus stables que d’autres. 

JE MONTRE

J’INFORME

• Il assure la fermentation et l’assimilation des nutriments, la synthèse vitaminique et la régulation métabolique. Des animaux élevés sans microbiote (dits axéniques) ont ainsi des besoins énergétiques 20 à 30 % supérieurs à ceux des autres. Le poids du microbiote (1 à 5 kg) ne dépend pas de celui de l’individu, mais de son type d’alimentation.

• Les connaissances physiopathologiques que l’on croyait acquises sont remises en question par les implications du microbiote sur de multiples fonctions : cardiovasculaires, métaboliques (obésité, NASH, etc.), immuno-allergiques (atopie, asthme, etc.), oncologiques, et même neuropsychiatriques (troubles de l’humeur, autisme, etc.).

• La dysbiose (altération qualitative et fonctionnelle de la flore intestinale) pourrait donc être une cible thérapeutique centrale.

JE PRESCRIS

• La transplantation du microbiote fécal (TMF) consiste à introduire des selles d’un donneur sain dans le tube digestif d’un receveur malade afin de rééquilibrer sa flore intestinale.

• La TMF est la seule option thérapeutique à obtenir le grade A-I (meilleur niveau de preuve scientifique) dans l’infection à Clostridium difficile (ICD) multirécidivante. 25 % des patients rechuteront après le premier épisode d’ICD, et parmi eux 40 % subiront un 3e épisode. Environ 10 % des récidives nécessitent une réhospitalisation (17 jours en moyenne), portant le coût d’un épisode à 9 024 euros.

• Dans cette situation, après une ou deux TMF, 94 % des patients sont guéris, contre 31 % de ceux traités par vancomycine seule. La TMF peut donc être proposée à tout malade atteint d’ICD multirécidivante (≥ 3 épisodes) confirmée. L’administration se fait par lavement, sonde nasoduodénale ou nasojéjunale. Du point de vue du législateur, le microbiote fécal est considéré comme un médicament. Ses effets à long terme ne sont pas connus. 

J’ALERTE

• Pour l’heure, la TMF n’a qu’une seule indication. De nombreux essais sont en cours dans les maladies inflammatoires chroniques intestinales, l’obésité et le diabète, mais restent du domaine de la recherche.

• Se pose la question de l’ingestion de probiotiques pour diminuer la dysbiose et augmenter la résilience du microbiote, notamment au décours d’une antibiothérapie. Cependant, aucun essai n’a, à ce jour, montré de bénéfice et les aliments contenant des probiotiques ne sont pas autorisés à indiquer une allégation “santé”.

• À 18 ans, un Américain moyen a en moyenne “bénéficié” de 18 lignes d’antibiothérapie. Or, on a identifié une obésité accrue chez les sujets qui en ont reçu une forte quantité avant l’âge de deux ans, ce qui laisse supposer que le microbiote n’a pas pu définitivement se constituer et/ou que sa résilience n’est pas totale. Encore une raison de répéter « les antibiotiques, c’est pas automatique » !

JE RENVOIE SUR LE WEB

https://www.frm.org/recherche-medicale/microbiote-intestinal