Programme Consore, le google 3.0 du cancer

« Je cherche la liste des patients qui ont présenté un mélanome de la choroïde à risque génétique élevé, qui sont vivants et qui n’ont pas eu d’événements métastatiques à cinq ans », introduit le Dr Livartowski de l’Institut Curie. Il était auparavant très difficile de trouver une réponse à cette question en recherche translationnelle sans avoir à fouiller dans des dossiers cliniques. Or il existait une masse de données considérable qui permettaient de faire avancer la recherche dans le secteur et restaient pourtant inexploitées. Rien qu’à l’institut Curie se trouvent 460 000 dossiers de patients, soient des téraoctets de données qui seraient utiles à la génétique du cancer et au séquençage à haut débit. A l’origine du projet Consore, les chercheurs souhaitaient utiliser toutes ces données et faire entrer l’hôpital dans l’ère du big data. Quels étaient les objectifs de ce projet ? Il s’agissait de réaliser un outil de fouille des données de type Google 3.0 du cancer en vue de constituer des cohortes ou de réaliser des études de recherche clinique quel que soit le type de données (hospitalières, issues des centres de cancer…) Au fur et à mesure que la constitution de l’outil a évolué, les demandes de collecte des données se sont affinées. Les chercheurs ont établi des cohortes de patients, de maladies (tumeurs), de prélèvements (données biologiques) avec des mots clefs qui ont donné lieu à un entrepôt de données. Les médecins qui ont participé à cette collecte n’ont pas eu à coder ces informations pour qu’elles soient anonymisées. Une fois ces résultats obtenus, la seconde étape a consisté à modéliser la maladie. Sur ce sujet, les centres de cancer se sont mis d’accord pour un modèle commun adopté par l’Institut national du cancer (Inca) dans le cadre du projet Osiris. Actuellement la discussion porte autour de la constitution d’un modèle d’interrogation des données qui sera étendu aux Chu et aux Siric (Site de recherche intégrée sur le cancer).

*Unicancer à l’heure de la santé connectée : les centres de lutte contre le cancer inventent la e-cancérologie. Paris Healthcare Week, le 16 mai 2017.