La prévalence de l'œsophagite à éosinophiles est aujourd'hui estimée entre 10 et 50/100 000 habitants, touchant plutôt les populations vivant dans les pays industrialisés, en particulier citadines. Elle touche préférentiellement les hommes (sex-ratio de 3), avec un pic de fréquence entre 30 et 40 ans. Un terrain allergique est souvent retrouvé, dans de 42 à 92 % des cas chez l'enfant et dans de 28 à 86 % des cas chez l'adulte.