Le poumon ne faisait pas partie des sites du corps humain alors explorés dans ce projet étant donné qu’il était encore considéré comme un organe stérile. L’avènement des techniques de séquençage à haut débit a permis de mettre en évidence l’existence d’un microbiote respiratoire composé de nombreux micro-organismes non détectables par des méthodes de cultures bactériennes conventionnelles.
Le microbiote intestinal a été certainement le microbiote le plus étudié que ce soit dans des pathologies digestives mais aussi dans l’obésité, la dépression, l’autisme, en raison de la richesse de sa flore au sein du colon. Depuis quelques années, la flore du poumon est aussi devenue un véritable terrain d’investigation et le microbiote pulmonaire a généré de nombreuses recherches et études centrées sur la comparaison entre les communautés bactériennes pulmonaires de sujets sains et celles de patients atteints de maladies pulmonaires chroniques. Les liens entre le microbiote pulmonaire et l’asthme, la mucoviscidose, la fibrose pulmonaire idiopathique, la bronchopneumopathie chronique obstructive le cancer pulmonaire, ou les greffes de poumon ont ainsi été explorés.
Un vrai changement de paradigme.
L’évolution des connaissances sur le microbiome pulmonaire a justifié qu’il soit l’un des thèmes phares du Congrès de l'European Respiratory Society (Septembre 2018), événement scientifique reconnu sur le plan mondial. Le rôle de ce « nouveau » concept est désormais mieux connu. Le microbiome pulmonaire interagit avec le génome humain entrainant une plus grande efficacité du système immunitaire dans la reconnaissance des germes pathogènes et dans la défense de l’organisme. Des données tendent à montrer que toute altération du microbiote pulmonaire physiologique risque de provoquer un déséquilibre de l’homéostasie immunologique et en conséquence de conduire à l’arrivée de nouveau germes, favorisant non seulement la survenue de maladies infectieuses, mais aussi très probablement le développement de pathologies chroniques. Les exacerbations respiratoires reflèteraient elles aussi, du fait de leur caractère inflammatoire, l’inadaptation de la réponse immunitaire qui découle de la modification du microbiote. Le microbiome jouerait donc un rôle à la fois dans la genèse de ces pathologies chroniques mais aussi dans leur évolution.
La littérature scientifique s’est ainsi enrichie de nombreuses études ces dernières années. Elles décrivent le microbiote respiratoire dans ce contexte de pathologies respiratoires chroniques en situation stable ou lors d’exacerbation respiratoire, mais également suite à des interventions thérapeutiques comme entre autres, l’usage de macrolides au long cours, la vaccination antigrippale ou les antibiothérapies répétées.
Ainsi, les connaissances sur le microbiome pulmonaire et le rôle qu’il joue dans la pathogenèse des maladies pulmonaires chroniques et leur évolution devraient nous permettre d’améliorer dans un futur proche la prise en charge des maladies bronchopulmonaires et de la personnaliser. Et ce, d’autant que chaque individu a son propre microbiote pulmonaire, dont les évolutions dépendent des conditions locales comme la température ou la pression partielle en oxygène.
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